La estructura curricular del programa de Doctorado en Ciencias plantea la estructuración de un Plan particular para cada estudiante, que se desarrollará en conjunto con su Comité Doctoral. Se incluyen como obligatorios, una serie de Seminarios Doctorales, que tienen como finalidad, proporcionar las herramientas metodológicas necesarias para el trabajo independiente como investigador, incluyendo la identificación de problemas de investigación, un análisis crítico de la información científica, el planteamiento de los fundamentos filosóficos del conocimiento científico y la responsabilidad social del investigador, en relación a los temas abordados, así como la utilidad del tema en la resolución de problemas sociales de su entorno.
Es importante también, la presentación de resultados, tanto en eventos científicos, como su publicación en revistas científicas arbitradas, de prestigio internacional. En conjunto con el Comité Doctoral, y con base en los antecedentes académicos del estudiante, se podrán cursar un máximo de cuatro materias optativas, que serán seleccionadas de entre los cursos obligatorios u optativos de los programas de Maestría en Ciencias que se ofrecen en la Facultad. Los cursos optativos deberán utilizarse para fortalecer el perfil de competencias del estudiante, en relación a su trabajo experimental. Como parte del programa de profesores visitantes, se recomienda que los estudiantes asistan a los cursos cortos que se ofrezcan por profesores de otras instituciones, que se ofrecerán en la Facultad.
En relación al número de créditos para la obtención del doctorado, se plantea un mínimo de 140 créditos y un máximo de 180 créditos.
En la asignación del número de créditos para el programa, de acuerdo a lo planteado en el SATCA, se acreditarán 80 créditos por el grado de maestría con los que cuentan los estudiantes que ingresan al doctorado, los que se sumarán a los créditos que se acumularán durante el programa de doctorado. En la asignación de créditos para tesis, se propone un equivalente de 400 horas de trabajo independiente por semestre.